十八届三中全会《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》中“改革院士遴选和管理体制，优化学科布局，提高中青年人才比例，实行院士退休和退出制度”的论述，被普遍认为是启动院士制度改革乃至深化科技体制改革的“破冰”信号。此前，院士制度备受媒体和公众的关注，现行院士制度的一些弊端多受诟病，如“烟草院士”等屡屡引起哗然，院士制度改革的呼声不绝于耳。
在对学者的采访中，记者了解到，与现行院士制度相关的利益及问题盘根错节，去除附于其上的利益等因素，使院士制度回归学术，已是大势所趋。
院士制度与学术体制密不可分
中国院士制度从学部委员制度演变而来，许多专家认为，现行院士制度既有历史原因，又存在现实问题，这些问题是我国科研体制中某些亟须改革之处的集中反映。
中国科学院自然科学史研究所副所长王扬宗表示，“学部委员”在设立之初，是学术领导的工作职称而非学术荣誉。20世纪80年代初提出建立院士制度时，曾设想体现相当高的学术标准。1993年，中国科学院全体学部委员转成了院士。院士制度自建立之初，就在某种程度上存在学术权威性不足、人数过多的问题。20世纪90年代初，随着几次大规模增选和中国工程院的建立，院士规模大幅扩张，总体学术标准下滑，由此带来了诸多问题。
王扬宗还表示，在目前的学术决策机制下，少数院士与某些特殊权力“挂上了关系”，成为利益共同体的成员。院士制度的许多弊端都源于这类利益共同体。当然，不同学科情况不同，一些学科存在国际标准，地域色彩不浓，认同度较高；一些学科具有一定地域色彩，或学科内院士数量很少，这些院士就易被利用挂名去申请重大课题、做评审、出任首席科学家等。此外，我国人情社会色彩浓重，这使得个别院士学术不端行为难以得到有效处理。因此，仅对院士制度进行调整或许不能从根本上解决问题，还需对学术体制等做较大动作。不过，需要注意的是，由于公众对院士制度了解不够，也不排除某些媒体炒作，误导公众。
院士退出与退休问题复杂
在院士制度改革中，终结院士“终身制”，推进院士的退出和退休成为各方热议的话题。此前，我国院士年龄结构老龄化、个别院士学术腐败等问题，一直受到关注与批评。
王扬宗表示，《中国科学院院士章程》第九条和《中国工程院章程》第十一条规定了退出机制，但落实的案例很少。如对学术不端行为的查处，就存在一定难度，“两院”即使想查处，也需交给院士的本单位、本系统执行，然而查处往往难以落到实处。要想解决问题，则要约束相关单位和系统，而这就牵涉对现行科研体制进行改革的问题，自然难度较大。
王扬宗还告诉记者，院士退休的问题也比较复杂。目前，院士的延迟退休甚至终身不退休，基本是参照了1983年的《国务院关于高级专家离休退休若干问题的暂行规定》。按照我国劳动人事制度规定，院士退休问题不应由“两院”做出规定，而应在国家劳动人事制度中加以规范。他说，“30多年过去了，我国的科技人才队伍发生了很大变化，相关政策应做一些调整，这需要国家劳动人事部门做出统一规定，从顶层设计层面加以改革。”
此前，中国科学技术大学科技哲学部教授徐飞等人曾对院士、博士生导师、博士生三大群体进行问卷调查，以了解他们对现行院士制度的基本态度。调查中，针对“院士终身制”，72%的院士“赞成”、12%“不赞成”、余下16%“不好说”，博士生导师中24%“赞成”、51%“不赞成”、25%“不好说”，博士生的态度为30%“赞成”、41%“不赞成”、29%“不好说”。对此，研究者表示，社会角色及其所处地位直接影响其行为模式与价值判断，因此只有充分听取各方意见，置身利益相关方之外，才可能获得相对理性的分析与判断。
我国的“两院”院士年龄主要集中于70—89岁，而此年龄阶段的大多数科学家已过了科研创造峰值年龄，在一些新兴学科表现尤为明显。被誉为“汉字激光照排之父”的已故“两院”院士王选曾调侃称，当自己的创造高峰已成过去，却被选为了院士。院士就是一生辛勤奋斗，作出了贡献，晚年给他一个肯定。因此，不要把院士看成当前的学术权威，尤其在发展迅速的新技术领域更是如此。
重视新学科及青年学者
科研体制改革，只依靠院士制度改革“单骑突进”，将无法真正改变局面，必须从根本性、全局性问题入手。有学者建议，要倡导一种新陈代谢、新老合作的科研氛围；实行院士退休制度，倡导年轻化，不能“一刀切”，关键是以科研水平作为判断标准，给具有科研潜力且有志科学事业的青年学者以表现才能的舞台，使其看到从事科研的希望所在。
“科学史上的科学家和发明家，几乎没有一个人是为了争‘院士’而走上科研之路。院士只有纯粹，才可能对人类科学事业作出贡献。任何人太驰骛于外界，太忙碌于现实，不能回到宁静的精神家园，不能探索幽深的世界，就无法成为伟大的科学家。”南京师范大学哲学系教授张之沧认为，首先要返璞归真，重新规定“院士”的含义。在选举院士时，既要公正客观地评价其科学贡献，又要力保新的研究领域能够得到足够重视。为了保持院士这一崇高荣誉，力求把最出色的科学家选为院士，避免滥竽充数和“官吏院士”。鉴于中国国情，遴选院士要特别突出其理论创新、重大发明、社会贡献。其次，鉴于科学发明创造与年龄和精力之间的关系，应倡导院士年轻化，坚持身体健康原则。再次，严格选举程序，实施一票否决制，评选过程和评选结果都要公开化。最后，应增加新学科的院士名额，缩减老学科的院士名额，以及取消院士终身制，实行院士退休制。
王扬宗强调，院士年轻化问题值得注意。“两院”近年增选的院士中，新当选院士的平均年龄已与国际无明显差距，基本都在50岁出头，一些学科的院士当选年龄甚至低于发达国家。然而，科研人员断层现象不容忽视，20世纪八九十年代，曾出现大量人才外流情况，造成国内外人才差距，这很可能加剧科研体制中的“官本位”问题。因此，坚持国际通行的资格标准，提升我国院士的资格要求，减少行政干预，使院士称号回归学术荣誉，是改革不可忽视的前提条件。